El Museo Nacional del Virreinato es uno de los museos más importantes de México. Su labor es ofrecer a la sociedad experiencias de educación y goce, a partir de la apreciación del periodo virreinal en la Nueva España para fortalecer y dar a conocer la memoria histórica del país.

Durante el virreinato de la Nueva España, el inmueble perteneció a la Compañía de Jesús. En su interior funcionó uno de los colegios jesuitas más importantes, el Colegio Noviciado de San Francisco Javier y en la actualidad su templo es una de las obras barrocas del siglo XVIII más importantes del continente americano.

Los integrantes de la Compañía de Jesús llegaron a la Nueva España en 1572 con el objetivo de apoyar las labores de evangelización y la educación de los hijos de españoles que habitaban las ciudades recién formadas. En el año de 1580 arribaron al pueblo de Tepotzotlán, posteriormente establecieron un colegio de lenguas indígenas para los jesuitas. Poco tiempo después fundaron también el Colegio de San Martín para los hijos de los indígenas nobles y más adelante, el Colegio de San Francisco Javier, pues el ambiente invitaba a las novicios a la reflexión y el estudio.

En 1767, el rey Carlos III ordenó la expulsión de los jesuitas de todos los reinos españoles. El inmueble que albergó los tres colegios de Tepotzotlán quedó abandonado hasta 1774, año en el que el arzobispado instituyó el Colegio Seminario de Instrucción, Retiro Voluntario y Correción para los clérigos que funcionó pocos años. En 1933, el inmueble fue declarado monumento nacional y en 1964, se estableció el Museo Nacional del Virreinato.